A água pode contaminar o combustível de várias maneiras, mas principalmente através do processo de condensação que ocorre quando a temperatura interna dos tanques de combustível oscila.
Pelo respiro do tanque, o oxigênio entra juntamente com a umidade do ar e bactérias para dentro do tanque. Havendo um espaço mínimo dentro do tanque, o processo de condensação se inicia, devido ao ambiente de vapor formado pelo retorno do combustível quente, uma vez que o mesmo passou pelo sistema de injeção/motor, formando gotículas em sua parede e posteriormente descendo para o fundo do tanque.
Os microrganismos são microscópicos, ou seja, tão pequenos que não podem ser vistos pelo olho humano. Isso significa que mesmo a menor quantidade de água, uma única gota, é o suficiente para propagar a contaminação microbiológica do combustível, principalmente no caso da gasolina e diesel.
Esses microrganismos podem se desenvolver em sistemas de combustível e, em situações com temperaturas mais altas, potencializam o seu crescimento.
Os usuários precisam gerenciar os riscos de contaminação continuamente. Além disso, mudanças recentes no diesel, para um combustível menos poluente (biodiesel), tornam esta tarefa ainda mais importante.